گلخانه فضایی محدود شده و جدا از فضای اطراف خود است که قابلیت کنترل شرایط محیطی مناسب را برای رشد گیاهان در نواحی مختلف و در طی فصول مختلف یک سال دارد. از آنجا که در شرايط گلخانه، عوامل بیماری‌زا می‌توانند در طی مدت زمانی بسیار کوتاه تكثير و منتشر شوند و آلودگي را گسترش دهند، بايد اصل ايزوله و جدا بودن به خوبي رعايت شود.
کنه‌ها، شته‌ها، تریپس و سفيدبالك‌ها از آفات مهمي هستند كه در گلخانه سبزيجات و گل‌هاي زينتي وجود دارند و به راحتي و از راه‌هاي گوناگون مي‌توانند وارد گلخانه شوند. همچنین عوامل بيماري‌زاي گياهي مانند ویروس‌ها، قارچ‌ها و باكتري‌ها ميكروسكوپي بوده و به روش‌های مختلف مي‌توانند وارد فضاي گلخانه شوند.
در مدیریت گلخانه باید دقت کنیم که كاربرد بي‌رويه سموم شيميايي اثرات نامطلوبي به دنبال خواهد داشت. این موضوع از يك سو باعث آلودگي محصول توليدي به بقایای سم و از سوی دیگر منجر به مقاوم شدن آفات به سموم می‌شود. در صورت بروز مقاومت آفت به سم، كشاورز ناچار خواهد شد تعداد دفعات سمپاشي را افزايش داده يا سموم جديد را جايگزين سموم قبلي کند.
برخی عوامل مانند ساختمان و امکانات گلخانه نقش مهمی در کنترل و جلوگیری از ورود آفات و ایزوله بودن فضای گلخانه دارند که در اینجا به برخی از آنها اشاره شده است.
جنس بدنه گلخانه: اسکلت گلخانه باید از موادي ساخته شده باشد كه در برابر باران، بادهاي شديد و ورود عوامل طبيعي به داخل آن مقاوم باشد.
کف گلخانه: كف گلخانه بهتر است با بتن آرمه پوشيده شود. برای زهكشي بهتر است از كف شيب دار به سمت يك خروجی كه با مخازنی در خارج از گلخانه مرتبط است استفاده شود.
سیستم گردش هوا: وجود این سیستم و عملکرد درست آن در گلخانه بسیار ضروری است.
اندازه گلخانه: اندازه گلخانه در تناسب با تعداد گیاه است و باید با توجه به آن تعیین شود.
تجهیزات کنترل محیط گلخانه: این تجهیزات باید با توجه به شرایط محیطی و نوع گیاه طراحی و تعبیه شوند. رطوبت‌سازها، گرماسازها، سرماسازها، سیستم‌های تهویه و مهپاش‌ها از جمله این تجهیزات هستند.
تنظیم پوشش برای نوردهی: برای نوردهی طبیعی، می‌توان از مواد شفاف مانند شیشه، فایبرگلس، اکریلیک و … استفاده کرد.
استفاده از توری‌های محافظ: نصب توری جلوی پنجره‌ها و کلیه منافذ برای جلوگيري از ورود حشرات و آفات به داخل گلخانه ضروری است.
خاك گلخانه: خاک گلخانه بايد با روشی مناسب ضد عفوني شود.
منبع آب گلخانه: آبياري در گلخانه بهتر است به روش قطره‌اي انجام شود تا از انتقال عوامل بيماري‌زا بين گياهان و کرت‌های مجاور جلوگيري شود.
درهای ورودی دوتایی: دو در به فاصله حداقل 2/2 متر (که به صورت خودکار بسته شوند) در ورودی گلخانه باید تعبیه شود. همچنین در نظر گرفتن یک حوضچه ضدعفونی کفش (حاوی محلول‌های ضدعفونی مانند فرمالین یا وایتکس) برای جلوگیری از ورود مواد آلوده به محیط گلخانه ضروری است.
اطراف گلخانه: وجود گیاهانی در نزدیکی گلخانه، می‌تواند در نقش آلودگی برای گلخانه عمل کند. بنابراین باید حداقل تا فاصله 20 متری از گلخانه از کاشت هر نوع گل و گیاه جلوگیری کرد.
