بر اساس مقدار ماده آلی، خاک‌ها به خاک‌های معدنی و آلی تقسیم می‌شوند. خاک‌های معدنی بیشتر زمین‌های کشاورزی را تشکیل می‌دهند و حاوی مقادیر اندکی ماده آلی هستند. در حالیکه خاک‌های آلی حاوی حدود 80% ماده آلی می‌باشند.
بیشتر ماده آلی خاک از بافت گیاهی منشا می‌گیرد. بقایای گیاهی حاوی 90-60 درصد رطوبت هستند. ماده خشک باقیمانده شامل کربن (C)، اکسیژن (O)، هیدروژن (H)، گوگرد (S)، نیتروژن (N)، فسفر (P)، پتاسیم (K)، کلسیم (Ca) و منیزیم (Mg) است. اگرچه این عناصر در مقادیر کم وجود دارند، اما از نظر مدیریت حاصلخیزی خاک بسیار مهم هستند.
ماده آلی خاک از اجزای مختلفی تشکیل شده است. این مواد شامل میکروارگانیسم‌ها (40-10 درصد) و ماده آلی مقاوم یا پایدار (60-40 درصد) است که هوموس نامیده می‌شود.
در بیشتر خاک‌های سطحی، مقدار ماده آلی خاک تنها به چند درصد می‌رسد، اما تأثیر مهمی بر تمام عملکردهای خاک دارد و نقش اصلی را در چرخه کربن ایفا می‌کند. میزان ماده آلی خاک بستگی به اقلیم منطقه، پوشش گیاهی، نوع کود مورد استفاده، نوع کشت و… دارد
ماده آلی پس از تجزیه، مواد مغذی را به شکلی قابل دسترس برای گیاه آزاد می‌کند. برای حفظ چرخه مواد مغذی، میزان افزودن ماده آلی از بقایای گیاهی، کود دامی و هر منبع دیگر باید با سرعت تجزیه برابر باشد و میزان جذب توسط گیاهان و تلفات ناشی از شستشو و فرسایش در نظر گرفته شود.
در جایی که میزان افزودن ماده آلی خاک کمتر از سرعت تجزیه باشد، ماده آلی خاک کاهش می‌یابد. برعکس، در جایی که میزان افزودن ماده آلی، بیشتر از سرعت تجزیه باشد، ماده آلی خاک افزایش می‌یابد. زمانیکه سرعت اضافه شدن ماده آلی برابر با سرعت تجزیه در خاک باشد به اصطلاح حالت پایدار در خاک ایجاد شده است.
محتوای کربن یا مقدار رنگ تیره، یک معیار متمایز کننده برای توصیف خاک در طبقه‌بندی بین‌المللی است. در خاک‌های ایران درصد ماده آلی کم است و این یک مساله بحرانی به شمار می‌آید.
